Genoomwijde methylatie analyse (EPIC array)

Doel:

Opsporen van methylatiepatronen a.d.h.v. de Infinium MethylationEPIC (micro)array als diagnostisch hulpmiddel bij onder andere centrale zenuwstelsel tumoren.

Principe:

Genoomwijde methylatieanalyse wordt uitgevoerd met een array-gebaseerd Illumina Platform a.d.h.v. de Infinium MethylationEPIC beadchip. Deze beadchip geeft informatie over ±850 000 methylatiesites in het genoom, met een single-nucleotide resolutie.

Het assay maakt gebruikt van bisulfiet-geconverteerd DNA. Voor de analyse van de CpG loci wordt gebruik gemaakt van 1 of 2 probes. Dit is afhankelijk van de probe design van de gegeven CpG site.

Aan de hand van een algoritme wordt het staal vervolgens toegewezen aan een methylatie klasse die gelinkt kan worden aan de diagnose van het staal.

Het algoritme van de DNA methylatie gebaseerde classifier voor centrale zenuwstelsel tumoren is een random forest algoritme. Met de genoomwijde informatie van 2801 referentie stalen en 91 methylatie klassen werden 10 000 binaire ‘decision trees’ gegenereerd. Iedere decision tree bepaald de klasse van het staal. Deze worden dan samengebracht tot 1 geïntegreerde ruwe klasse. Er wordt ook een waarschijnlijkheidsschatting gemaakt die aangeeft wat de betrouwbaarheid is van de classificatie (de calibrated score).

Acceptatiecriteria:

FFPE materiaal:

• 10 blanco coupes DNA met >70% neoplastische cellen
• Het weefseloppervlak op de HE coupe bedraagt idealiter >20mm²

Rapportering

Het algoritme voor centrale zenuwstelsel tumoren genereert:

• een methylatie klasse (met een waarschijnlijkheidsschatting)
• een MGMT methylatie resultaat
• een CNV profiel van alle chromosomen

Er is een nauwe samenwerking tussen de diensten centrum medische genetica en pathologische anatomie voor deze test:

• Het resultaat van de methylatie array wordt door het centrum medische genetica gerapporteerd.
• De geïntegreerde conclusie die dit resultaat mee in rekening brengt wordt door de dienst pathologische anatomie gerapporteerd.

Toepassingsgebied:

Centrale zenuwstelsel tumoren

Literatuurreferenties:

Capper D, Jones DTW, Sill M, Hovestadt V et al. DNA methylation-based classification of central nervous system tumours. Nature. 2018 Mar 22; 555(7697):469-474.

Aanrekening:

Analyses die worden uitgevoerd in het UZA maar niet betaald worden via RIZIV (KB art.33), worden in principe aan de aanvrager aangerekend. Voor meer informatie, gelieve u te wenden tot secr.anapat@uza.be.

Uitvoeringsfrequentie:

Maandelijks

Maximale TAT: 6 weken