Next-generation sequencing LIQUID BIOPSY
Doel: Next generation sequencing (NGS) van celvrij NA afkomstig uit liquid biopsy voor de parallelle detectie van diagnostische, prognostische en predicitieve biomarkers in genen betrokken in de carcinogenese van solide tumoren.
Principe:
Deze test bestaat uit verschillende onderdelen:
(1)    Generatie van plasma en isolatie van celvrij nucleinezuur (cfNA) uit het plasma.
(2)    Na aanrijking op het Ion S5 platform (Thermofisher) met het Oncomine Cell-Free NA Assays for Liquid Biopsy wordt de sequentie van het celvrij nucleinezuur bepaald.
(3)    Analyse van de data voor de aanwezigheid van SNVs, kleine inserties en deleties, fusies en amplificaties wordt uitgevoerd met de Ion Reporter en IGV software.
Accpetatiecriteria:
Om celvrij nucleinezuur van goede kwaliteit te bekomen is het aangewezen:
-          Minimum 10ml perifeer bloed af te nemen in EDTA tubes en deze binnen de 30min af te geven aan het laboratorium voor plasmaverwerking.
OF
-          Minimum 10ml perifeer bloed af te nemen in cfNA preservatietubes (STRECK tubes) en deze binnen de 48h doorgeven aan het laboratorium voor plasmaverwerking.
(Opmerking: na afname van het bloed de tube voldoende maar rustig mengen zodat er geen hemolyse optreed en de tube transporteren tussen 6-37°C)
Toepassingsgebied:
De parallelle detectie van diagnostische, prognostische en predictieve biomarkers in genen betrokken in de carcinogenese van solide tumoren.
PAN-CANCER cell-free assay (52 genen)
SNVs, kleine inserties en deleties:  AKT1, ALK, APC, AR, ARAF, BRAF, CHEK2, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLT3, GNA11, GNAQ, GNAS, HRAS, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MET, MTOR, NRAS, NTRK1, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RAF1, RET, ROS1, SF3B1, SMAD4, SMO, TP53
CNV: CCND1, CCND2, CCND3, CDK4, CDK6, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET,  MYC
Fusies: ALK, BRAF, ERG, ETV1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, NTRK1, NTRK3, RET, ROS1
LUNG cfDNA assay (11 genen)
SNVs, kleine inserties en deleties:  ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, PIK3CA, ROS1, TP53
BORST cfDNA assay V2 (12 genen)
SNVs, kleine inserties en deleties:  AKT1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FBXW7, FGFR1, KRAS, PIK3CA, SF3B1, TP53
CNVs: CCND1, ERBB2 (=HER2), FGFR1
Voor meer details over de targetregio’s van de geteste genen, zie ‘Overzicht onderzochte genen cell-free assays’
Rapportering
DNA varianten worden ingedeeld in 5 categorieën gebaseerd op de ACMG Standards (Richards et al., 2015; Plon et al., 2008)
Klasse 5: Pathogeen
Klasse 4: Vermoedelijk pathogeen
Klasse 3: Ongekende significantie (VUS)
Klasse 2: Vermoedelijk benigne
Klasse 1: Benigne
Enkel de klassen 3, 4 en 5 worden gerapporteerd.  Klinisch advies wordt enkel bij klasse 4 en 5 varianten gegeven.
Literatuurreferenties
“The Belgian next generation sequencing guidelines for haematological and solid tumours”. A. Hébrant; G. Froyen; B. Maes; R. Salgado; M. Le Mercier; N. D’Haene; S. De Keersmaecker; K. Claes; J. Van der Meulen; P. Aftimos; J. Van Houdt; K. Cuppens; K. Vanneste; E. Dequeker; S. Van Dooren; J. Van Huysse; F. Nollet; S. van Laere; B. Denys; V. Ghislain; C. Van Campenhout; M. Van den Bulcke. Belg.J.Med.Oncology. 2017.
Aanrekening:  
De analyse wordt aangerekend aan de patiënt.  Vandaar wordt er overleg gevraagd met de patholoog alvorens de test aan te vragen. Voor meer informatie, gelieve u te wenden tot secr.anapat@uza.be
Test niet onder accreditatie.

 

Matrix:
volboed in een ctDNA preservative tube (STRECK) of EDTA tube
Antwoordtijd

De analyse wordt om de 2 weken uitgevoerd.

Voor LONG en BORST stalen die toekomen in ons labo voor 16h: max 14 werkdagen later is een resultaat gekend.

Voor PAN stalen die toekomen in ons labo voor 16h: max 14 werkdagen later is een resultaat gekend.