Next-generation sequencing (mutatie- en fusieanalyse) FFPE

Doel:
Next-generation sequencing met het AmpliSeq aanrijking voor de detectie van mutaties in meerdere genen (afhankelijk van het panels zie hieronder)

 
Principe:
Deze test bestaat uit verschillende onderdelen. (1) Na macrodissectie van het tumormateriaal wordt genomisch DNA geïsoleerd uit het tumorweefsel. (2) De DNA isolaten van de FFPE monsters worden na AmpliSeq aanrijking op het Ion S5 platform (Thermofisher) geanalyseerd (Next-Generation Sequencing (NGS)) voor de aanwezigheid van SNVs en kleine inserties en deleties.  (3) Analyse van de data wordt uitgevoerd met de Ion Reporter en IGV software.
 
Acceptatiecriteria:
 Om genomisch DNA van goede kwaliteit te bekomen is het eveneens aangewezen:
- het weefsel te fixeren in 10% gebufferde formol (4% formaldehyde, NF4)
- de tijd tot fixatie van het monster zoveel mogelijk te beperken
- de fixatieduur van het monster tussen de 6u en 72u te houden
-  het percentage tumorcellen aanwezig in de paraffinecoupe bepaalt mede de detectielimiet van deze test.
Paraffineblokken waarin zones met een hoog percentage tumorweefsel aanwezig zijn zorgen voor de meest betrouwbare resultaten. Wanneer er keuze is uit verschillende monsters, dienen bijgevolg paraffineblokken met dense zones tumorweefsel verzonden te worden. Indien de hoeveelheid tumorcellen in het staal geschat wordt op minder dan 20%, wordt het resultaat onder voorbehoud gerapporteerd.
Weefselstalen met een oppervlakte van > 5 mm² (Oncomine Focus Assay) en >10 mm2 (Gynaecopanel en Glioompanel) op HE hebben de grootste kans op een succesvolle analyse..
 
Toepassingsgebied:

De parallelle detectie van prognostische en predictieve biomerkers in genen betrokken in de carcinogenese van solide tumoren.

Voor longtumoren, colorectale tumoren, melanomen, GIST en schildkliertumoren wordt de mutatieanalyse uitgevoerd met de Oncomine Focus Assay voor volgende genen: AKT1, ALK, AR, BRAF, CDK4, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ESR1, FGFR2, FGFR3, GNA11, GNAQ, HRAS, IDH1, IDH2, JAK1, JAK2, JAK3, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MET, MTOR, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RAF1, RET, ROS1 en SMO.
De detectielimiet van deze assay werd vastgelegd op een variant allel-frequentie (VAF) van ≥ 5%.
Voor longtumoren worden standaard ook fusies van genen op RNA niveau opgespoord in ALK, RET, ROS1, NTRK 1/2/3, FGFR 1/2/3, MET, BRAF, RAF1, ERG, ETV1, ETV4, ETV5, ABL1, AKT3, AXL, EGFR, ERBB2, PDGFRA, PPARG.
Voor longtumoren, GIST en melanomen wordt standaard ook het bijkomende OST panel uitgevoerd voor de detectie van varianten in volgende genen: POLE, STK11 en TERTp en bijkomde regio's in volgende genen: EGFR, ERBB4, FGFR2, KIT, MET en ROS1.
 
Met het custom gynaecopanel wordt de mutatieanalyse uitgevoerd voor volgende genen:
AKT1, ATM, ATR, CDK12, CHEK2, DICER1, ERBB2, ESR1, FOXL2, MLH1, MSH2, MSH6, PALB2, PIK3CA, PMS2, POLE, PPP2R1A, RAD51B, RAD51C, RAD51D, TP53, en TP53BP1. De detectielimiet van deze assay werd vastgelegd op een variant allel-frequentie (VAF) van ≥ 6%.
 
Met het custom glioompanel wordt de mutatieanalyse uitgevoerd voor volgende genen:
ACVR1, ATRX, BRAF, CDK6, CDKN2A, CIC, DAXX, EGFR, FUBP1, H3F3A, H3F3B, HIST1H3B, HIST1H3C, IDH1, IDH2, MET, NF1, PIK3CA, PDGFRA, PTEN, TERT, TP53. De detectielimiet van deze assay werd vastgelegd op een variant allel-frequentie (VAF) van ≥ 6%. Er wordt met dit panel eveneens naar EGFR amplificaties en 1p/19q codeletie gekeken (niet onder accreditatie).
 
Voor meer details over de targetregio's van de geteste genen, zie Overzicht van onderzochten genen AmpliSeq.
 
Rapportering:
DNA varianten worden ingedeeld in 5 categorieën gebaseerd op de ACMG Standards (Richards et al., 2015; Plon et al., 2008)
 
Klasse 5: Pathogeen
 
Klasse 4: Vermoedelijk pathogeen
 
Klasse 3: Ongekende significantie (VUS)
 
Klasse 2: Vermoedelijk benigne
 
Klasse 1: Benigne
 
 
 
Na mutatiedetectie dient elke gedetecteerde DNA variant een categorie te krijgen en afhankelijk van de categorie al dan niet in het rapport vermeld te worden. Een correcte classificatie is van groot belang om een correct therapeutisch advies te kunnen formuleren. Enkel de klassen 3, 4 en 5 worden gerapporteerd.  Klinisch advies wordt enkel bij klasse 4 en 5 varianten gegeven.
  
Literatuurreferenties:             
“The Belgian next generation sequencing guidelines for haematological and solid tumours”. A. Hébrant; G. Froyen; B. Maes; R. Salgado; M. Le Mercier; N. D’Haene; S. De Keersmaecker; K. Claes; J. Van der Meulen; P. Aftimos; J. Van Houdt; K. Cuppens; K. Vanneste; E. Dequeker; S. Van Dooren; J. Van Huysse; F. Nollet; S. van Laere; B. Denys; V. Ghislain; C. Van Campenhout; M. Van den Bulcke. Belg.J.Med.Oncology. 2017.
 

Aanrekening: Analyses die worden uitgevoerd op UZA maar niet betaald worden via RIZIV (KB art.33bis), worden in principe aangerekend aan de patiënt.  Voor meer informatie,  gelieve u te wenden tot secr.anapat@uza.be

 

 

Matrix:
weefsel
Antwoordtijd

De analyse wordt 2x per week uitgevoerd.
Voor stalen die toekomen in ons labo op:
- dinsdag voor 12u => resultaat dinsdag van de volgende week
- donderdag voor 12u => resultaat vrijdag van de volgende week

Maximale TAT: 8 werkdagen