BRCA mutatieanalyse

Doel: BRCA mutatieanalyse wordt aangevraagd om mutaties in de genen BRCA1  en BRCA2 op te sporen.

Principe:
Voor BRCA mutatieanalyse wordt gebruik gemaakt van de Oncomine BRCA Research Assay (Thermo Fisher). Deze assay werd initieel ontwikkeld voor de detectie van mutaties in de volledige coderende sequentie van deze genen en dit tot het 10% detectieniveau. Deze techniek laat niet toe om somatische van constitutionele mutaties te onderscheiden.
 

Deze test zelf bestaat uit verschillende onderdelen.

(1) Na macrodissectie van het tumormateriaal wordt genomisch DNA geïsoleerd uit het tumorweefsel. 

(2) De DNA isolaten van de FFPE monsters worden na AmpliSeq aanrijking op het Ion S5 platform (Thermofisher) geanalyseerd (Next-Generation Sequencing (NGS)) voor de aanwezigheid van SNVs en kleine inserties en deleties.  

(3) Analyse van de data wordt uitgevoerd met de Ion Reporter en IGV software.

 

Acceptatiecriteria:

Om genomisch DNA van goede kwaliteit te bekomen is het eveneens aangewezen:

- het weefsel te fixeren in 10% gebufferde formol (4% formaldehyde, NF4)

- de tijd tot fixatie van het monster zoveel mogelijk te beperken

- de fixatieduur van het monster tussen de 6u en 72u te houden

Technische opmerking: Het percentage tumorcellen aanwezig in de paraffinecoupe bepaalt mede de detectielimiet van deze test. Paraffineblokken waarin zones met een hoog percentage tumorweefsel aanwezig zijn zorgen voor de meest betrouwbare resultaten. Wanneer er keuze is uit verschillende monsters, dienen bijgevolg paraffineblokken met dense zones tumorweefsel verzonden te worden. Stalen met een tumorpercentage van minder dan 20% kunnen niet betrouwbaar worden geanalyseerd en worden onder voorbehoud gerapporteerd. Weefselstalen met een oppervlakte van >5mm² op HE hebben de grootste kans op een succesvolle analyse.
 
Rapportering: 
Gedetecteerde varianten worden onderverdeeld in klasse 1 tem 5 op basis van hun pathogeniciteit (Plon et al., 2008). Samengevat kunnen volgende klasses onderscheiden worden:
Klasse 1: niet-pathogeen
Klasse 2: waarschijnlijk niet-pathogeen
Klasse 3: ongekende pathogeniciteit (VUS)
Klasse 4 : waarschijnlijk pathogeen
Klasse 5: Pathogeen
 
Toepassingsgebied:
Detectie van BRCA mutaties in, onder meer, hooggradige sereus ovariumcarcinomen (HGSOC), pancreastumoren en prostaattumoren laat toe tumoren te identificeren die mogelijk gevoelig zijn aan poly (ADP-ribose) polymerase (PARP) inhibitoren. BRCA1 en BRCA2 mutaties kunnen gedetecteerd worden in 20-30% van de HGSOC en werden aangetoond van somatische oorsprong te zijn in 7%.Teneinde constitutionele mutaties aan te tonen is een parallelle analyse op bloed vereist.
 
Literatuurreferenties:
-         Gibson and Kraus (2012). New insights into the molecular and cellular functions of poly(ADP-ribose) and PARPs; Nature Reviews Cell Biology, 13, 411-424.
-         Li and Yu (2015). The role of poly(ADP-ribosyl)ation in DNA damage responseand cancer chemotherapy. Oncogene, 34, 3349-3356.
-         Kim et al., (2015). FDA Approval Summary: Olaparib Monotherapy in Patients with Deleterious GermlineBRCA-MutatedAdvanced Ovarian Cancer Treated with Three or More Lines of Chemotherapy.
-         Oza et al., (2015). Olaparib combined with chemotherapy for recurrent platinum-sensitive ovarian cancer: a randomized phase 2 trial. Lancet Oncol, 16, 87-97.

 

Matrix:
weefsel
Aanvraagformulier:
Uitvoerfrequentie:
wekelijks
Antwoordtijd

Maximale TAT: 11 werkdagen

Uitvoering In Urgentie:
nee
Uitbesteding:

Nee​